В 1987 органисты и органостроители СССР образовали собственное творческое объединение при Всесоюзном музыкальном обществе. При поддержке академика Д.С.Лихачева в апреле 1990 возник Центр органного искусства (более позднее название: Центр органного искусства имени Владимира Одоевского). Им было организовано два международных фестиваля органной музыки в Советском Союзе (1990 и 1991). В рамках второго фестиваля в Нижнем Новгороде состоялась первая научно-практическая конференция в России (Советском Союзе) «Орган вчера и сегодня».
Среди органов, установленных в России в 1990-е годы, самым впечатляющим на сегодняшний день является инструмент голландской органостроительной компании «Флентроп», построенный для концертного зала Казанской консерватории (III/P/60, 1997).
Важным событием стало открытие в 1998 органного класса в одном из старейших высших музыкальных учебных заведений страны Российской академии музыки имени Гнесиных.
Центру органного искусства имени В.Одоевского удалось в недавнем времени осуществить перевозку в Москву двух органов из Великобритании и Германии, переданных в дар Российской академии музыки им. Гнесиных. Английский инструмент мастера Генри Джонса (II/P/10, 1871, Лондон) ныне установлен в Камерном зале Академии и активно используется в учебном процессе. Орган Филиппа Фуртвенглера / Эммануила Кемпера из Любека (II/P/19) после проведения профилактического ремонта и монтажных работ предполагается также использовать как учебный инструмент.
Несмотря на эти положительные сдвиги, к 2001 практически во всех консерваториях России все еще имелся значительный дефицит органов, притом, что число студентов, желавших постичь основы органного искусства, неуклонно росло.
Современная органная музыка – это сложное переплетение традиции и новаторства, академизма и авангардизма. Наиболее интересно творчество таких неодназначных и незаурядных композиторов как: Шарль Видор и Луи Вьерн. Следует выделить значительные достижения в органной музыке XX века: хоральная прелюдия "O Haupt voll Blut und wunden" (Джулиано), "In Croce" (Губайдулина) для виолончели и органа, "Lontano" (Каспаров) для органа и электронных звуков. Знаком новых веяний в музыкальном творчестве отмечены органные произведения выдающего композитора Микаэла Таривердиева. 60-70-е годы XX века электронный орган стали использовать и рок-группы; наибольшей выразительности в его звучании и сочетании с другими традиционными рок-инструментами достигла американская группа Doors.